المصفوفات والمذيبات عالية النقاء ذات أهمية حاسمة لأن تتركز كل الملوثات الموجودة في مصفوفات والمذيبات على الهدف MALDI بعد تبخر المذيبات. من أجل تعزيز نقاء المصفوفات MALDI فمن الممكن لتنقية لهم باستخدام الأساليب الكلاسيكية التبلور انظر أعلاه. نوصي أيضا إلى إعداد طازجة الحلول المصفوفات على الأقل مرة واحدة في الأسبوع لتحسين بلورة المصفوفة وتجنب تدهور المصفوفة. النهج ترسب مصفوفة حرجة للغاية لنوعية النهائي للأطياف. كما هو موضح أعلاه، وطريقة طبقة رقيقة هو أسلوبنا سو خيار وعلاوة على ذلك، ونحن الأمثل النهج لإيداع الطبقة الأولى. عندما يذوب في الأسيتون المصفوفة للحصول على محلول مشبع، وبروبانون يسمح التبخر السريع للالمذيب، ولكن أيضا يجعل حجم الطبقة الأولى من الصعب جدا السيطرة عليها.
حجم الطبقة الأولى تسيطر على نحو ما الحجم النهائي للبقعة MALDI: بقعة صغيرة أي 0،5-،75 ملم من قطر هو الأفضل لأنه في هذه الحالة تركيز العينة هو أعلى منه في حالة وجود بقعة كبيرة. الحصول على بقعة صغيرة يختلف عن النهج طبقة رقيقة جدا المقترحة سابقا في شريط فيديو JOVE في Fenyo وآخرون. ينتشر الحل طبقة رقيقة في جميع أنحاء الهدف MALDI باستخدام الجانب من طرف ماصة. يتطلب هذا النهج اختبار طبقة رقيقة التي ينبغي أن تلبي معايير محددة على سبيل المثال سرعة تبخر المذيبات. إذا لم يتم استيفاء المعيار، يجب غسلها الهدف MALDI وينبغي إعداد طبقة رقيقة جديدة.
وهذا يجعل إعداد شاقة جدا بالنسبة لمبتدئ. إعداد قليلا أكثر صعوبة من نهجنا. نسبة حجم المصفوفة وبين عينة من المهم جدا بالنسبة لتحليل ناجحة من البروتينات سليمة من قبل MALDI-TOF. بعد اختبار نسب مختلفة نقترح استخدام نسبة مصفوفة مختلفة: عينة نسبة يمكن أن تؤثر سلبا على جودة الأطياف، وربما يرجع ذلك إلى تبلور غير متجانسة. الترتيب الذي يتم إيداع مصفوفة وعينة أمر بالغ الأهمية أيضا.
وقد تم تعريف هذا الإجراء بأنه "طريقة ساندويتش" 27، حيث يتم إيداع عينة وحده بين طبقتين المصفوفة. هذا ينتج بقعة مع طبقة متجانسة من البلورات الناتجة في ذات جودة عالية الأطياف.
- البنوك المركزية سوف تشتري بيتكوين.
- متى سيتم تنصيف البيتكوين إلى النصف و ماذا سيحدث؟.
- بتكوين - المعرفة!
عند تحليل البروتينات مع انخفاض كتلة من كيلو دالتون، وتركيز DHB يمكن زيادة على سبيل المثال DHB: CHCA ، وهذا يمكن أن تنتج أكثر وضوحا الذروة، ولكن يمكن أن تؤثر سلبا على حساسية قياس أي قمم أقل كثافة. لمعايرة الأدوات الصحيحة، فمن الضروري أن تودع المعايير calibrant قريبة جدا من بقع عينة، مما يسمح احد للحصول على دقة أفضل الشامل. A "الزائفة الداخلية إجراء المعايرة" واقترح سابقا بعد الحصول على عينة الطيف، بقعة ط calibrantتضاف ق الليزر اطلاق النار وإشارة من calibrant إلى الطيف العينة. هذا يسمح لك لمعايرة داخليا الطيف العينة باستخدام القمم calibrant. وينبغي أيضا التحكم في طاقة الليزر بعناية خلال اقتناء الأطياف.
في معظم الحالات، والطاقة العالي يزيد من حساسية، ولكن يقلل من القرار. نقترح استخدام الحد الأدنى الممكن طاقة الليزر دون المساس حساسية الاستحواذ. وعلاوة على ذلك، من أجل تحسين جودة الطيفية، يمكن للمرء الحصول على مزيد من الطلقات على كل بقعة العينة. عادة مزيد من الطلقات تحصل عليه 1،، طلقة ، وارتفاع كثافة الإشارة. عندما تصل إلى بقعة مع الليزر، ويحتاج المرء إلى العثور على المكان المناسب أي "بقعة الحلو" ، لأنه لا يتم توزيع العينة متجانس. يمكنك اطلاق النار على نفس المنطقة حتى إشارة آخذ في الازدياد، ومن ثم محاولة إيجاد منطقة أخرى تحتوي على العينة. LS والنفقات الخارجة عن الميزانية تصميم التجارب، أجريت التجارب مطياف الكتلة، تحليل البيانات، وكتب مخطوطة.
نشكر الدكتور كريستوف ماسيلون iRTV، CEA، غرونوبل وأعضاء من العدوى الفيروسية والسرطان في المجموعة IBS، لتقييم الحرجة للمخطوطة والمناقشات المفيدة. نحن ممتنون لسيريل ديان للهدية نوع من البروتين Crm1. وأيد ماليا من قبل البنية التحتية للمبادرة الفرنسية الأحياء الهيكلية المتكاملة FRISBI، ANRINSB ، GRAL ANRLABX [ضمن الشراكة غرونوبل لعلم الأحياء الهيكلي] و المركز الفرنسي الوطني للبحوث العلمية CNRS.
Signor, L. To learn more about our GDPR policies click here. If you want more info regarding data storage, please contact gdpr jove. Thank you for taking us up on our offer of free access to JoVE Education until June 15th. Your access has now expired. Provide feedback to your librarian. If you have any questions, please do not hesitate to reach out to our customer success team.
صعوبة الشبكة
Login processing Skip to content Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove. JoVE Journal Chemistry.
إعداد البروتين العينة: العازلة صرف اختياري ميكرولتر من تركيزات مكرومولي من البروتين ميكرون ضرورية. إضافة ملغ من مصفوفة.
تعدين البيتكوين Bitcoin وكيف يعمل ؟
باستخدام حمام مائي وسخان المقاومة، تدفئة حل المصفوفة ويحرك حتى يذوب تماما المصفوفة باستخدام قضيب الزجاج أو النمام المغناطيسي. كرر الخطوة 2 حتى يكون لديك محلول مشبع. يسمح الحل لتبرد ببطء. يمكنك ترك في درجة حرارة الغرفة لعدة ساعات ومن ثم في 4 درجات مئوية خلال الليل. ملاحظة: إذا لم تتشكل البلورات، وتبلور يمكن الناجم عن الخدش داخل الدورق فقط تحت سطح الحل باستخدام قضيب الزجاج التحريك.
جمع بلورات المصفوفة عن طريق الترشيح.
العد التنازلي لتنصيف البتكوين
شطف بلورات مع الحد الأدنى من المذيبات الجليد الباردة والترشيح لها. تسمح للبلورات لتجف. يمكنك استخدام فراغ لهذه الخطوة. تنظيف الفولاذ المقاوم للصدأ الهدف MALDI شطف لوحة MALDI مع الميثانول MeOH ويمسح برفق بمنديل التنظيف صنعت خصيصا لتطبيقات المختبر مثل Kimwipe. تتوفر هذه النماذج والبرامج النصية للعامة عبر حساب AWS. يمكنك استخدام مجموعة أدوات تطوير عتاد الحاسب HDK إما في AMI المتوفر في AWS، أو في بيئة التطوير المحلية. يمكنك بدء سير العمل عن طريق إنشاء النموذج الخاص بك وتدريبه في أحد أطر عمل ML الشائعة، مثل TensorFlow أو PyTorch أو MXNet باستخدام مثيلات GPU مثل P4 أو P3 أو P3dn.
بمجرد تدريب النموذج على الدقة المطلوبة، يمكنك استخدام واجهة برمجة التطبيقات الخاصة بإطار عمل ML لاستدعاء Neuron، وهي مجموعة تطوير برامج لـ Inferentia، لتجميع النموذج للتنفيذ على رقاقات Inferentia وتحميله على ذاكرة Inferentia، ثم تنفيذ استدعاءات الاستدلال. يمكن للعملاء الذين يستخدمون نماذج تعلم الآلة الحساسة لزمن استجابة الاستدلال والإنتاجية استخدام مثيلات Inf1 لاستدلال عالي الأداء وفعال من حيث التكلفة.
Post navigation
بالنسبة لطرز ML التي تتطلب الوصول إلى مكتبات NVIDIA أو CUDA أو CuDNN أو TensorRT، نوصي باستخدام مثيلات G4. على سبيل المثال، إذا كنت تحتاج فقط إلى 5 TOPS، وهو ما يكفي لمعالجة ما يصل إلى 6 تدفقات فيديو متزامنة، فإن استخدام أصغر شريحة من EI بمثيل C5. يمكن العثور على قائمة بالمشغلين المدعومين على GitHub. تدعم مثيلات Inf1 المزودة برقاقات Inferentia متعددة، مثل Inf1. باستخدام إمكانية Neuron Processing Pipeline، يمكنك تقسيم النموذج وتحميله على ذاكرة التخزين المؤقت المحلية عبر عدة رقاقات.
يستخدم محول Neuron تقنية تجميع متقدمة AOT لتحليل نموذج الإدخال وتحويله ليتناسب مع الذاكرة المتوفرة على رقاقة Inferentia الفردية أو رقائق Inferentia المتعددة.
تحتوي الحزمة على أدوات تقوم بالتحويل البرمجي وحساب وقت التشغيل وجمع المعلومات لرقاقات AWS Inferentia، وهي مطلوبة لتشغيل أعباء عمل الاستدلال على مثيلات EC2 Inf1. من ناحية أخرى، تعتبر Amazon SageMaker Neo خدمة غير متجانسة للأجهزة، وتتكون من أدوات للتحويل البرمجي وحساب وقت التشغيل بشكل يتيح للمطورين تدريب نماذج تعلم الآلة مرة واحدة وتشغيلها على العديد من منصات الأجهزة المختلفة. وتشمل هذه التطبيقات تطبيقات كثيفة الحوسبة مثل خوادم الويب عالية الأداء، والحوسبة عالية الأداء HPC ، وعمل النماذج العلمية، والتحليلات الموزعة واستدلال التعلم الآلي.
مثيلات Amazon EC2 C6g هي الجيل التالي من مثيلات الحوسبة المعززة التي تدعمها معالجات AWS Graviton2 القائمة على Arm. وهي مبنية على نظام AWS Nitro وهو مزيج من الأجهزة المخصصة وNitro Hypervisor. تقدم مثيلات C6g فوائد كبيرة في الأداء التسعيري لأعباء العمل كثيفة الحوسبة مثل الحوسبة عالية الأداء HPC ، ومعالجة الحزم، وعرض الإعلانات، وتشفير الفيديو، والألعاب، وعمل النماذج العلمية، والتحليلات الموزعة، واستدلال تعلم الآلة المستند إلى وحدة المعالجة المركزية CPU.
لا تدعم مثيلات C6g إلا واجهة Non-Volatile Memory Express NVMe للوصول إلى وحدات تخزين EBS. تدعم مثيلات C6g الشبكة المحسنة القائمة على ENA. مع ENA، يمكن لمثيلات C6g تقديم ما يصل إلى 25 جيجابت من عرض النطاق الترددي للشبكة بين المثيلات عند إطلاقها داخل مجموعة الموضع.
تعتمد التعديلات المطلوبة على التطبيق. تدعم معظم توزيعات Linux وكذلك الحاويات Docker وKubernetes وAmazon ECS وAmazon EKS وAmazon ECR بنية Arm. إن التطبيقات التي تستند إلى لغات مترجمة مثل Java وNode وPython لا تعتمد على مجموعات تعليمات وحدة المعالجة المركزية الأصلية يجب أن تعمل بدون أي تغييرات. ارجع إلى دليل بدء الاستخدام على Github للحصول على مزيد من التفاصيل.
كل نوع مثيل C4 هو EBS-optimized بشكل افتراضي. وتتحقق C4 من ميجابت في الثانية إلى ميجابت في الثانية إلى EBS بما يتجاوز معدل نقل الشبكة للأغراض العامة المقدمة إلى المثيل. يوفر نوع مثيل c4. قد ترغب في تغيير إعدادات C-state أو P-state لزيادة تناسق أداء المعالج، أو تقليل زمن الاستجابة، أو ضبط المعدل الخاص بك لحمل عمل معين. للحصول على معلومات إضافية حول هذه الميزة، راجع قسم دليل مستخدم Amazon EC2 في التحكم في حالة المعالج.
مثيلات C6g : يتم تشغيل مثيلات Amazon EC2 C6g بواسطة معالجات AWS Graviton2 القائمة على Arm. هذا يشمل أعباء عمل مثل الحوسبة عالية الأداء HPC ، ومعالجة الحزم، وعرض الإعلانات، وتشفير الفيديو، والألعاب، وعمل النماذج العلمية، والتحليلات الموزعة والاستدلال بالتعلم الآلي المستند إلى وحدة المعالجة المركزية CPU. تستند مثيلات C5 إلى معالجات Intel Xeon Platinum، وهي جزء من عائلة معالجات Intel Xeon Scalable التي تحمل الاسم الرمزي Skylake-SP أو Cascade Lake ، وتتوفر بـ 9 أحجام وتقدم ما يصل إلى 96 وحدة معالجة مركزية افتراضية وذاكرة بسعة جيبي بايت.
مثيلات C5a: توفر مثيلات C5a أداء تسعير رائد لـ x86 بالنسبة لمجموعة كبيرة من أعباء العمل التي تحتاج للكثير من الحوسبة، بما في ذلك معالجة المجموعة والتحليلات الموزعة وعمليات تحويل البيانات وتحليل السجلات وتطبيقات الويب. تتوفر مثيلات C4 في 5 أحجام وتقدم ما يصل إلى 36 وحدة حجم وحدات تخزين vCPU و60 ذاكرة من نوع GiB. بالنسبة إلى التطبيقات المكثفة ذات النقاط العائمة، يتيح Intel AVX تحسينات مهمة في تسليم TFLOPS عن طريق الاستخلاص الفعال للتوازي على مستوى البيانات. يجب على العملاء الذين يبحثون عن الأداء المطلق لعرض الرسومات وأحمال عمل HPC التي يمكن تسريعها باستخدام وحدات معالجة الرسومات أو وحدات FPGA تقييم العائلات الأخرى في محفظة Amazon EC2 التي تتضمن تلك الموارد للعثور على المثالية لحمل العمل الخاص بها.
EBS تدعم HVM AMIs مع دعم لشبكات ENA ويمكن استخدام التمهيد من التخزين المستند إلى NVMe مع مثيلات C5. يتم دعم أجهزة AMI التالية على C يوصى بإصدار 4. تستخدم مثيلات C5 وحدات تخزين EBS للتخزين، ويتم تحسينها بشكل افتراضي بواسطة EBS، وتوفر ما يصل إلى 9 جيجابت في الثانية من سعة التحويل إلى وحدات تخزين EBS المشفرة وغير المشفرة. NVMe هي عبارة عن واجهة تخزين فعالة وقابلة للتطوير شائعة الاستخدام لمحركات أقراص SSD المستندة إلى الفلاش مثل تخزين NVMe المحلي المزود بمثيلات I3 وI3en. عند استخدام NVMe لتوفير وحدات تخزين EBS، يتم إرفاقها وفصلها عن طريق PCI hotplug. باستخدام محول الشبكة المرن ENA ، يمكن لمثيلات C5 استخدام عرض النطاق الترددي للشبكة حتى 25 جيجابت في الثانية.
سوف تدعم مثيلات C5 طراز جهاز NVMe EBS فقط. ستظهر مجلدات EBS الملحقة بمراحل C5 كأجهزة NVMe.